Per tutto il XIX sec. si verificarono lunghi periodi di sede vacante, con conseguente grave disagio per l’azione pastorale.

Inoltre dopo la metà del XIX sec., si susseguirono le leggi eversive con le quali furono abolite le decime e soppresse le corporazioni religiose con l’incameramento progressivo e sistematico dei beni ecclesiastici. Lo stesso arcivescovo Domenico Varesini (1838-1864), che aveva inviato a tutti i parroci una circolare di protesta contro l’abolizione della censura e del foro ecclesiastico, fu citato in giudizio e condannato agli arresti domiciliari.

Ciononostante a Sassari per iniziativa privata di alcuni nobili e prelati si promossero alcune importanti istituzioni a carattere sociale, rivolte specialmente all’assistenza dell’infanzia. Nel 1832 il marchese di Putifigari, don Pilo Boyl, vi fondò l’orfanotrofio delle Figlie di Maria, mentre nel 1858 Carlo Rugiu Tealdi e altri benefattori istituirono l’ospizio di San Vincenzo per accogliere gli orfani. Nell’anno successivo fu fondata la conferenza delle Dame di Carità.

Dopo la morte del Varesini, avvenuta nel settembre del 1864, la sede rimase vacante per oltre sette anni a causa del conflitto tra Stato e Chiesa. Solo alla fine del 1871 vi fu nominato Diego Marongio-Delrio, già vicario capitolare, anche se l’exequatur gli venne concesso solo nel 1878. Con lui la vita religiosa riprese in tutti i campi e l’associazionismo cattolico fu incoraggiato e sostenuto. Per suo interessamento la Santa Sede nel 1876 istituì la facoltà teologica aggregata al seminario di Sassari, qualche anno dopo la sua soppressione (1873) nell’università statale. Per la formazione dei chierici accolse nel 1879 i vincenziani della Provincia piemontese. Nel 1877 celebrò il sinodo e nel 1890 presiedette a Sassari un congresso episcopale di vescovi sardi. Compì ben cinque visite pastorali (1873, 1878, 1884, 1889, 1896), nel 1886 eresse la parrocchia cittadina di San Giuseppe (fino a quel momento le parrocchie erano rimaste ancora le cinque del XIII sec.), dopo che Sassari si sviluppò oltre le mura medievali. Promosse in città la società operaia del “Sacro Cuore” (1893) e approvò gli statuti della Società di mutuo soccorso “San Giovanni Battista” di Ossi (1902).

Con l’avvento dei Preti della missione le opere di assistenza si moltiplicarono, l’Opera della propagazione della fede fiorì e il movimento cattolico iniziò a svilupparsi in diocesi. Tra i vincenziani si distinse padre Manzella, formatore di chierici e sacerdoti, apostolo e animatore di opere di assistenza in tutta l’isola.

Nel 1905 l’arcivescovo Emilio Parodi (1905-1916), vincenziano, in adempimento di un desiderio del suo predecessore monsignor Marongio fondò il circolo “Silvio Pellico”, al fine di istruire nella religione gli studenti. Nel 1908 padre Luigi Deligia dei minori conventuali diede vita a un circolo per operai, artigiani e contadini, denominandolo “Robur et virtus”. Anche Cleto Cassani (1917-1929) creò circoli giovanili in tutte le parrocchie. Sostenne il Circolo missionario “San Francesco Saverio”, sorto nel seminario locale, che promuoveva tutti gli anni una giornata missionaria diocesana. In seguito alla straordinaria riuscita di quella del 1926, celebrata alla presenza del segretario dell’Opera di Propaganda fide, monsignor Durando, fu chiesto a Pio XI di fissare una giornata mondiale per la propagazione della fede, cosa che avvenne nell’aprile del 1926. Con l’arcivescovo Arcangelo Mazzotti (1931-1961) fiorì abbondantemente l’Azione Cattolica e la Chiesa turritana visse tempi di grande impegno e passione da parte dei sacerdoti e di molti laici, ottenendo ricchi frutti specialmente in campo giovanile, nel mondo della cultura, nell’apostolato liturgico e nell’azione sociale. Celebrò nel 1947 un sinodo diocesano e nell’anno successivo il congresso eucaristico regionale. Degli ultimi vescovi Agostino Saba (1961-1962), Paolo Carta (1962-1982) e Salvatore Isgrò (1982-2004), merita essere ricordato quest’ultimo per la celebrazione del Sinodo (1990-1991), lo svolgimento di quattro visite pastorali (1985-1986; 1991-1993; 1996-1997; 2001-2002), per l’organizzazione della missione popolare del 1999 nonché del Congresso eucaristico del 2003. Per sua iniziativa nel 1987 la Santa Sede eresse il locale Istituto di Scienze Religiose in Istituto Superiore, che oggi conta 135 iscritti e ha conferito finora 271 tra diplomi e lauree.